[tillg]

Gut, dass du das noch mal gepostet hast.

Es handelt sich offenbar um einen Durchflusswandler. Da müssen dann doch die ersten Elkos schon gleich hinter die Dioden, also vor die Drosseln. Als Ladekondensatoren.
Anders währe es bei Sperrwandlern. Da dienen die Drosseln vor allem als Speicherdrosseln. Dann währen sie aber anders beschaltet.
Also wähle Variante B (oder C) aus deinem vorigen Bild. Der erste C ist der Ladekondensator. Dem folgt ein LC-Tiefpass (2.Ordnung) für weitere Glättung. Wenn du noch Platz für je einen dritten Elko hast, kannst du vor diesen am besten auch noch je eine Drossel setzen. Dann hast du einen weiteren Tiefpass angehängt (der besteht jeweils aus zuerst L und dann C). Dann hast du insgesamt einen Filter 4. Ordnung und solltest absolut auf der sicheren Seite liegen.
Solltest du aus Platzgründen unterschiedlich große (Kapazität) Elkos verwenden, dann setz den größten Elko zuletzt.
Wichtig ist die Qualität und Eignung der Elkos für Schaltnetzteile: niedriger ERS/Z. Diese sind bei gleichen Werten u.U. etwas größer als einfache. Z.B. eignen sich diese:
http://www.buerklin.com/gruppen/KapD/D096630.asp